科学基金项目资金管理方式分为包干制和预算制。2025年，青年科学基金项目、优秀青年科学基金项目、国家杰出青年科学基金项目、试点设立的青年学生基础研究项目实行经费包干制，申请人在项目申请时无需编制预算。其余类型项目实行预算制，申请人应当按照《资金管理办法》及有关规定，根据“目标相关性、政策相符性、经济合理性”的基本原则，结合项目研究实际需要，认真如实编报项目预算。严格开展国家重大科研仪器研制项目、重大项目、卓越研究群体（原基础科学中心）延续资助项目预算评审。项目申请中有合作研究单位的，申请人和合作研究单位的参与者应当根据各自承担的研究任务分别编报项目预算，经所在单位审核后由申请人汇总编制。
3.申请人应当根据申请书研究内容从“自由探索类基础研究”和“目标导向类基础研究”中选择一类研究属性。其中，“自由探索类基础研究”是指选题源于科研人员好奇心或创新性学术灵感，且不以满足现阶段应用需求为目的的原创性、前沿性基础研究；“目标导向类基础研究”是指以经济社会发展需要或国家需求为牵引的基础研究。
对于试点分类评审的面上项目、青年科学基金项目和重点项目，自然科学基金委将结合申请人所选择的研究属性，组织专家进行分类评审。
4. 申请人应当通过信息系统邀请主要参与者在线填写个人简历，并上传由系统自动生成的主要参与者PDF格式个人简历文件。对于个人简历中的代表性论文，申请人及主要参与者填写时应当根据其发表时的真实情况如实规范列出所有作者署名，并对本人署名情况进行标注，同时上传公开发表的代表性论文全文PDF电子版。代表性专著应上传著作封面、摘要、目录、版权页等PDF格式的扫描件。
5. 申请人申请面上项目、青年科学基金项目、地区科学基金项目、重点项目、优秀青年科学基金项目、国家杰出青年科学基金项目、国家杰出青年科学基金延续资助项目、创新研究群体项目、卓越研究群体项目（原基础科学中心项目）、联合基金项目、国家重大科研仪器研制项目和重大项目，其研究期限由信息系统结合项目类型自动生成，申请人不可更改。研究期限应与申请书正文中研究计划起止时间保持一致。
6. 申请人在提交项目申请前，应当就申请材料全部内容征得主要参与者和合作研究单位同意。
7. 申请人提交的项目申请如涉及科技伦理敏感领域的，应当经过伦理审查。
8. 申请人应当确保提供的电子邮箱畅通有效，以便项目评审工作结束后能够及时接收申请项目批准资助通知或不予资助通知，以及专家评审意见的相关信息，否则由此引起的法律后果由申请人自行承担。
9.申请人应在线选择或准确填写主要参与者所在单位信息。主要参与者中如有申请人所在依托单位以外的人员，其所在境内单位即被视为合作研究单位，合作研究单位应具有独立法人资格。主要参与者中的境外人员被视为以个人身份参与项目申请，如本人未能在纸质申请书上签字，则应通过信件、传真等本人签字的纸质文件，说明本人同意参与该项目申请且履行相关职责，作为附件扫描上传并随纸质申请书一并报送。
10.申请人在填写所在学院时，应填写学院全称（如：光电工程学院，机电工程学院等）。申请人电话，建议填写手机号码。
11.申请书中的起始时间一律填写2026年1月1日。终止时间按照各类型项目资助期限的要求填写202*年12月31日（本《指南》特殊说明的除外）。
12.请项目申请人认真阅读项目指南中各科学处、学科资助范围以及不予受理的相关申请领域，填写申请代码，如对申请代码有疑问，可直接咨询国家自然科学基金委各科学处，避免代码选择错误无法通过基金委初审。
13.申请人应对照《国家自然科学基金项目形式审查自查明细表-2025年版》（附件4）和《2021-2024年国家自然科学基金项目初审不予受理原因统计表》（附件5）对申请书进行自查。
14.如有合作单位一起申报项目，需签订《合作申报协议书》（附件6），合作双方互留存档，无需提交电子版。其中经双方协商约定不外拨资金的合作研究可以不签订合作研究协议、不分别编制预算，并在预算说明书中予以明确。
15.在职攻读研究生学位的申请人需提供《导师同意函》；无高级职称且不具备博士学位的申请人需提供2名正高级职称同行专家《专家推荐信》，相关模版请在国家自然科学基金网络信息系统下载，导师（专家）签字处需亲笔签名。
二、申请材料提交方式
1.国家自然科学基金项目全面实行无纸化申请。各类型项目《国家自然科学基金申请书》（以下简称申请书）一律采用在线方式撰写。申请人应在线提交电子申请书，并将有关证明信、推荐信和其他需要特别说明的材料，全部以电子扫描件上传。学校只需在线确认电子申请书及附件材料，无需报送纸质申请材料。
2.项目获批准后，需补交申请书纸质签字盖章页，并将其装订在《资助项目计划书》最后，一并提交。签字盖章的信息应与信息系统中提交的最终电子版申请书保持一致。对于未按照上述要求提供签字盖章材料的，自然科学基金委将按照有关规定处理。
三、学校申报工作时间节点及要求
1月-2月：申请人撰写《项目申请书》，学院组织专家评审，提出修改意见，申请人修改完善申请书；各学院应积极组织，加强对申请书的评审辅导，切实提高项目申请书质量。
3月1-5日：申请人应系统导出提交纸质《项目申请书》，各学院组织形式审查并返回修改；各学院应抽调人员组成形式审查工作小组，对照形式审查表，对每一份申请书进行形式审查，确保申请书不因出现形式问题而不予受理。
3月6日：各学院给科研院提交《学院基金申报汇总表》（附件7）1份及纸质申请书1份供形式审查，每份申请书还需同时报送《形式审查表》。
3月7-11日：科研院组织形式审查并反馈申请人修改完善。
3月12-15日：申请人修改并提交正式申报材料；科研院对申请人修改后的申请书再次审核。
3月18日-19日：科研院将最终版申请书电子版提交国家自然科学基金委。
四、国家自然科学基金委咨询与联系方式
(一) 各类事项咨询电话。